一种方法是通过API接口实现万方查重软件与学术数据库的深度连接。用户可以通过API接口将两者进行对接，实现数据的互通与共享。另一种方法是利用插件或扩展程序，通过定制化开发实现二者之间的无缝连接，提高使用效率。此外，还可以通过数据导入导出功能进行连接，将学术数据库中的文献导入到万方查重软件中进行查重分析，实现资源的最大化利用。

除此之外，还可以通过VPN建立专属网络通道，实现万方查重软件与学术数据库的深度连接。通过VPN技术，用户可以在安全的网络环境下进行数据传输和共享，确保数据的安全性和完整性。另外，也可以通过数据同步功能实现深度连接，定期同步学术数据库中的最新文献到万方查重软件中，保持数据的同步更新，提高查重的准确性和效率。