万方查重系统避免误判的方法有很多，首先是优化算法，通过不断优化算法，提高查重的准确性和稳定性，减少误判的概率。其次是引入多种查重技术，结合文本相似度比对、语义分析等多种技术手段，提高查重的精准度，避免误判的发生。此外，定期更新查重库，及时更新文献数据库，保证查重系统的准确性和全面性，从根本上避免误判情况的发生。

另外，万方查重系统还可以通过设置灵活的查重参数，根据用户需求调整查重的灵敏度和严格度，从而避免一些无关紧要的相似度被误判。同时，用户在使用查重系统时，也要注意文献原创性和规范性，避免一些格式、引用等问题导致的误判情况。综上所述，通过优化算法、引入多种技术手段、定期更新查重库、设置灵活的查重参数以及用户自身的规范操作，可以有效避免万方查重系统的误判情况。